Бывший сотрудник оказывал услуги как самозанятый

Добрый день! Прислали из налоговой требование в части самозанятого бывшего сотрудника, что не прошло двух лет с момента его увольнения.
Вопрос, какой должен быть алгоритм исправления ошибки? И в зарплате и самозанятому?

Здравствуйте.
По оплатам самозанятому исчисляете НДФЛ и взносы. Если замозанятый будет еще получать у вас оплату, то с нее удерживаете весь начисленный НДФЛ. Если нет, то по итогам года в 6-НДФЛ отражаете неудержанный НДФЛ и на основании этого самозанятому ИФНС пришлет уведомление об уплате НДФЛ.
Корректируете отчетность 6-НДФЛ и РСВ. Доплачиваете взносы.

А сам занятый должен отменить продажи в личном кабинете ИФНС?

Да, надо аннулировать чеки, а то он будет дважды оплачивать налоги с данных сумм.