Здравствуйте!
Тут возможны варианты в зависимости от того, как трактовать выявленное несоответствие поставленного товара с документами.
При отгрузке товара продавец обязан выставить соответствующий счета-фактуру, а при изменении стоимости, в том числе в случае изменения и (или) уточнения количества (объема) отгруженных товаров продавец выставляет покупателю корректировочный счет-фактуру не позднее пяти календарных дней считая со дня составления документов, указанных в пункте 10 статьи 172 настоящего Кодекса. (п. 3 ст. 169 НК).
В п. 10 ст. 172 НК в качестве составляемых документов указан в том числе иной первичный документ, подтверждающий согласие (факт уведомления) покупателя на изменение стоимости отгруженных товаров в том числе из-за изменения количества (объема) отгруженных товаров.
Т.е. корректировочный УПД составляется при наличии документов по согласованию изменений.
Если вы оформляли акт о недостаче, например, то должен быть корректировочный УПД.
Также действующим законодательством предусмотрено составление исправительных счетов-фактур. (п. 7 Правил заполнения счета-фактуры из Постановления Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137)
Этот документ составляется, если изменение произошло в результате исправления ошибки, возникшей при оформлении счета-фактуры в отношении отгруженных товаров, такие разъяснения есть в Письмо Минфине России от 18.12.2017 N 03-07-11/84472.
Речь идет о любых ошибках. Ваш поставщик мог решить, что он допустил ошибку при формировании документа, и исправил его.
Если сами документы составлены корректно, то не вижу причин настаивать не замене исправленного документа на корректировочный. Во-первых, у вас обе операции в рамках одного налогового периода, а потому об уточненке речи не идет, а во-вторых, основные придирки налоговых органов возникают как раз при формировании корректировочных документов, когда происходит исправление ошибок, и документ о согласовании отсутствует.