Добрый день!
Не совсем понятно, в чем суть вопроса. Вы ведете автоматизированный учет? Выписки банка загружаете из клиент-банка?
В учете у Вас будут фигурировать только проводки по Валютному счету в корреспонденции с основным рублевым. Транзитный счет является вспомогательным, в учете и формировании проводок он не участвует.