ИП Иванов и просто Иванов - одно лицо. И карман у него один.
ИП - это просто буковки, означающие, что человек ведет предпринимательскую деятельность и зарегистрирован как предприниматель в соответствии с требованиями закона.
А как вы в 1С оформляете те деньги, которые ИП себе забирает? Вот точно так же и тут оформите.