Добрый день.
По доходам в виде процентов по банковским вкладам ИП платит налог не как ИП, а как обычное физлицо по статье 214.2 НК. Т.е. со вклада более 1 млн рублей. И считает ему НДФЛ налоговая инспекция по данным, полученным от банка. Оплата налога будет производится по уведомлению, которое пришлет ИФНС вместе с имущественными налогами.
Т.е. проценты по вкладу в банке у индивидуального предпринимателя облагаются на общих основаниях, так же как и у иных физических лиц. Указание в договоре банковского вклада на наличие у гражданина статуса индивидуального предпринимателя не влияет на налогообложение таких доходов НДФЛ.