Если бы монтировалось оборудование, предоставленное исполнителем заказчику в собственность, то его стоимость была бы отдельно оговорена в госконтракте.
А вот это уже плохо. Потому что это безвозмездная передача получается и у заказчика может образоваться налогооблагаемый доход. Кроме того, поставить такое оборудование на баланс в госсекторе будет непросто.
Оплата этих расходов предусмотрена в госконтракте? Если нет, то никто их не оплатит отдельно.
Любыми, которые будут удобны сторонам договора. Например, можно составить акт монтажа оборудования для испытаний (в нем указать все оборудование, которое будет монтироваться). И подписать его у заказчика. Так же сделать и акт демонтажа. Сделать это нужно в первую очередь затем, что пока оборудование будет находиться на территории заказчика, он должен нести за него ответственность. Если что-то пропадет, он должен будет возместить ущерб.
Компания на УСН, поэтому даже если случится безвозмездная передача имущества (которое нельзя демонтировать), то никаких последствий не будет. Безвозмездная передача облагается только НДС, а при УСН этот налог не уплачивается.