Если чистые активы отрицательные, то уставный капитал уменьшить - не спасение. Учредитель может сделать взнос в имущество (добавочный капитал) - тогда чистые активы увеличатся. Также можно попробовать переоценку основных средств или нематериальных активов.
Взнос в имущество (добавочный капитал) потребует изменений устава и решения учредителя, чтобы не было споров по налогу УСН? Переоценивать нечего. Есть только займы учредителя, прощение которых оставляет “капитал и резервы” с отрицательным значением.