Раздельный учет в целях ГОЗ и НДС

Здравствуйте.
Ситуация такая:

Мы ООО на ОСНО являемся исполнителями электромонтажных работ в целях выполнения Гособоронзаказа по Федеральному закону “О государственном оборонном заказе” от 29.12.2012 N 275-ФЗ. У нас открыты специальные (отдельные) счета под каждый договор в целях ГОЗ.

Согласно 275-ФЗ мы должны вести раздельный учет по каждому договору ГОЗ.

Проблема возникла во входящем НДС с поставщиком (у нас с ним два договора поставки).

Пример, мы оплатили аванс за поставку материалов по основному договору. не относящемуся к ГОЗ. Оплата прошла с обычного расчетного счета, условно на 1 млн… Нам выл выставлен счет-фактура на аванс и мы приняли к вычету НДС с уплаченного аванса.

После этого мы получили товар с отсрочкой оплаты (т. е.в долг) по договору в целях ГОЗ (второй договор), условно на 200 тыс.руб… Позже в следующем квартале этот товар был оплачен со спец.счета. Но сейчас дело не в этом.

По полученному УПД мы снова приняли к вычету НДС. Зачета ранее уплаченного аванса не было, в книге продаж зачет аванса не был отражен, т. к. две вышеописанные ситуации относятся к разным договорам. На счетах 60 и сч. 76АВ два договора, операции по которым не пересекаются: по одному договору НДС принят к вычету с аванса, по другому договору — с реальной поставки.

Но наш поставщик, вероятно, отразил все операции по одному договору. И соответственно при отгрузке товара у него частично закрылся полученный аванс, который он отразил в декларации по НДС.

Таким образом, у нас к вычету получается НДС с аванса в 1 млн, и НДС с поставки в 200 тр. Итого к вычету 20% от 1,2 млн.
А у нашего поставщика в ИТОГО НДС к уплате с 800 тр. (1 млн аванс уменьшенный на отгрузку в 200тр).

Налоговая инспекция, естественно, заметила это и обратилась к нам: почему у нас к вычету завялен излишний НДС. На наши объяснения о ГОЗ и раздельном учете ответ был такой: нам все равно кто прав, приведите в соответствие свои декларации, чтобы не было разницы по НДС по данным счетам-фактурам.

Поставщик, вести раздельный учет категорически отказывается, т. к. им оплата происходит на обычный расчетный счет. А наши спец.счета — наша проблема.

Подскажите, кто прав в этой ситуации. И если все-таки правда на нашей стороне, как нам убедить поставщика вести учет в разрезе договоров.

Добрый день
Аванс по одному договору может быть зачтен в счет поставки по другому договору только если такое решение специально принято сторонами договоров. Тут явно поставщик решил сэкономить на НДС.

Есть старое письмо Минфина по поводу нескольких договоров с одним поставщиком, новее я не нашла.

Но дело в том, что заставить поставщика переделать документы вы не можете. А налоговая от вас не отстанет, у неё показывается разрыв.
Поэтому либо требовать от поставщика, чтобы он привел в соответствие свою декларацию (если есть рычаги давления), либо у себя уменьшать вычет. Ведь в следующем квартале все равно все “схлопнется” по НДС.