У нас была такая ситуация, сотрудник оказывался принести бумажный больничный. Поискала выходы и нашли. В программе Такском, где сдача отчётности в ФСС нашли электронные больничные. Полазили, конечно, в разделе поискали. Все заполнили отправили и ответ получили. Электронный больничный распечатали и все начислили. Оказалось ни каких проблем, ничего подключать дополнительно не надо. И вы посмотрите в своей программе по сдаче отчётности в разделе ФСС какие есть отчёты и документы, я думаю найдете. И проблема будет решена.