Может ли такое быть, что договор аренды помещения заключен с одной организацией, а возмещение коммунальных расходов производится другой?
Странная ситуация, вообще не должно быть, но надо читать договор
Одна сторона является управляющей компанией, которая заключила договор с поставщиком ресурсов, а ещё одна сторона - собственник помещения.
в вашем договоре с собственником написано кому Вы платите коммуналку?