Выплата сотруднику

Добрый день. ООО даёт в долг сотруднику (учред/ген.директор) сумму, которая будет удерживаться ежемесячно из зп.
Подскажите, как лучше и проще оформить? Договор займа ?

Да, оформляете договор займа.
Экономия на процентах по такому договору - это матвыгода, которая облагается НДФЛ.

А какие то есть еще варианты?
Директору нужны деньги, за дивиденды 13% он не готов платить