Закрытие головного подразделения

Организация имеет головное подразделение в Москве и обособленное подразделение в Москве.

Принято решение о закрытии головного подразделения, соответственно, останется только офис по адресу обособленного подразделения.

Каким образом нужно произвести закрытие головного подразделения и какими документами это нужно оформить?

Добрый день!
Сначала вам надо сменить адрес для связи с юридическим лицом: с Москвы, где сейчас находится головное подразделение, на адрес обособленного.
Это делается по форме Р13014 без дополнительных решений.
После регистрации нового адреса юрлица вы закрываете обособленное подразделение (принимается решение о закрытии обычно руководителем организации) и направляете соответствующее уведомление в налоговую.