Зарплата ниже регионального МРОТ

Здравствуйте, коллеги! Прошу помощи у тех, кто сталкивался с требованиями ФНС по зарплате ниже регионального МРОТ (есть трех стороннее соглашение). По факту ИП на ОСНО платил сотрудникам чуть больше федерального МРОТ, но меньше регионального. Теперь ФНС запрашивает документы и предлагает внести изменения и сдать уточненные расчеты по 6-НДФЛ и РСВ. Кто сталкивался? Что делали? Как отразить это в обычной 1С 8.3?