Приветствую вас, Елена!
Нормами п. 1 ст. 346.16 НК РФ предусмотрены два вида расходов, связанных с приобретением программного обеспечения или прав пользования на него, которые налогоплательщик вправе учесть в уменьшение налогооблагаемой базы по УСН. Таковыми являются:
- расходы, связанные с приобретением права на использование программ для ЭВМ и баз данных по договорам с правообладателем (по лицензионным соглашениям). Сюда относятся также расходы на обновление программ для ЭВМ и баз данных (пп. 19 п. 1 ст. 346.16 НК РФ);
- расходы на приобретение исключительных прав на программы для ЭВМ, а также прав на их использование на основании лицензионного договора (пп. 2.1 п. 1 ст. 346.16 НК РФ).
Исключительные права признаются нематериальными активами, если используются в производстве продукции (выполнении работ, оказании услуг) или для управленческих нужд организации в течение длительного времени (продолжительностью свыше 12 месяцев) (п. 3 ст. 257 НК РФ).
Согласно пп. 2 п. 3 ст. 346.16 НК РФ указанные расходы, произведенные в период применения УСН, принимаются с момента принятия НМА на бухгалтерский учет. В течение налогового периода эти расходы принимаются за отчетные периоды равными долями и, учитываемые в порядке, предусмотренном п. 3 ст. 346.16 НК РФ, отражаются в последнее число отчетного (налогового) периода в размере уплаченных сумм (пп. 4 п. 2 ст. 346.17 НК РФ).
При этом НМА должен использоваться в деятельности налогоплательщика (Письмо Минфина России от 26.02.2018 № 03-11-06/2/11967).
По сайту тоже лучше оформить лицензионный договор, т.е. право использования сайта.
Основанием для принятием расходов будут лицензионные договоры, документы оплаты по ним, а также акты, если они будут (иногда они не оформляются), накладные (если передаются какие-то материальные носители, ключи и т.д.). Также будут доказательством документы и приметы, которые указаны в самом договоре, это могут быть: коробки, лазерные диски, руководства пользователя и т.д. и т.п.
По сайту - тоже договор, документы оплаты и акты.
Кроме того, обращаю внимание на то, что директор и ООО - взаимозависимые лица (ст. 105.1 НК РФ), а это означает, что ФНС может и будет контролировать цены, т.е. вам следует и лучше заранее обзавестись доказательствами, что у вас там среднерыночные цены, в противном случае могут последовать претензии.