Все правильно, в разделе 2 сумма налога по предпринимательской деятельности (у вас там код 07 стоит), этот доход на имущественные вычеты не уменьшается.
А в разделе 1 учитывается все доходы и вычеты, указанные в декларации. Именно по разделу 1 делаются начисления по ЕНС.
А что такое “итоговая сумма в декларации”?