Добрый день.
Запрета на применение НПД физлицом, которое состоит с клиентом в гражданско-правовых отношениях нет. Однако налоговая может попытаться переквалифицировать договор ГПХ в трудовой. Руководство проектом как-то не очень похоже на гражданско-правовые отношения.
И если физлицом начинает применять НПД, то под него попадают все доходы от деятельности (кроме указанных в п.2 ст.6 закона 422-ФЗ). В том числе и оплата за оказание услуг по руководству проектом.