В местах ведение деятельности нужно подавать заявление на патент. Местом ведения деятельности определяется формально тем, где заключается договор перевозки.
Т.е. в шапке договора транспортной перевозки можно писать, что договор заключен в г. Москва, при этом возить груз с г. Владивостока в г. Новосибирск, т.е. ПСН будут действовать.
Если договор будут заключаться в г. Дубна Московской области, то тогда нужно патент получать в Московской области.
Заявление на получение патента можно подать в ИФНС по месту жительства. Если же планируете работать в другом регионе, подавайте заявление в ИФНС того субъекта РФ, где будете вести деятельность.
Если законом субъекта РФ территория региона поделена на группы, для каждой из которых установлен свой размер потенциально возможного дохода, и вы будете вести деятельность в муниципальных образованиях (МО), входящих в разные группы, то на патенты для них потребуются отдельные заявления.
Если в одном МО подаете только туда.
“Положения НК РФ не запрещают выдачу патента на грузоперевозки в регионе не по месту жительства предпринимателя. И если ИП фактически будет вести деятельность в регионе, в котором он не состоит на учете по месту жительства, то, конечно, патент он должен получить в этом регионе” - это цитата из интервью высокопоставленного чиновника ФНС.
Заявление на ПСН можно подать лично, через представителя, по почте или по ТКС.