Здравствуйте.
Если срок давности истек, то к ответственности не привлекут. По закону срок составляет 1 год. Он отсчитывается по-разному. Год со дня нарушения считают за непробитый чек, неприсланный электронный чек (ч. 1 ст. 4.5 КоАП РФ). Год с момента обнаружения нарушения налоговиками считают при длительных систематических нарушениях порядка применения ККТ (ч. 2 ст. 4.5 КоАП РФ).
По 54-ФЗ вы должны пробивать чеки и на получение аванса, и на зачет аванса.
Если вместо чека на получение аванса и чека на зачет аванса сформирован только один - на Полный расчет, то формально могут оштрафовать по ч. 4 ст. 14.5 КоАП РФ - как за нарушение порядка применения ККТ, что влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от полутора тысяч до трех тысяч рублей; на юридических лиц - предупреждение или наложение административного штрафа в размере от пяти тысяч до десяти тысяч рублей.