Добрый день.
Конечно, самозанятый - не ИП, может арендовать помещение. Но арендодатель может ставить свои условия в части регистрации ИП. Т.е. не сдавать в аренду просто физлицам.
Но даже, если он требует регистрации ИП, условий в части применяемой системы налогообложения он ставить не может. И можно применять НПД. После регистрации плательщика НПД надо в течение 30 дней отказаться от УСН (форма 26.2-8).
Но может быть ей нужны взносы в ПФР? Для пенсионного стажа? Тогда нет смысла уходить на НПД