Прослеживание товаров

Это не имеет значения.
На момент продажи прослеживаемого товара у вас должен быть РНПТ, который вы должны указать в счф.

Т.к. прослеживаемый товар был приобретён до введения прослеживаемости, вам нужно в ИФНС