Проводки по НДС у налогового агента при аренде муниципального имущества

А у вас нет никакой реализации с НДС? Почему у вас нет кредитового сальдо?
Вы можете принимать к вычету НДС по аренде этого имущества только если оно используется в деятельности, облагаемой НДС.

Мы арендуем помещение под офис - изыскательская организация, наши виды деятельности облагаются НДС. Мы оказываем услуги с НДС - мы должны оплатить этот НДС, но нам тоже оказывают услуги или покупаем материалы ( для нашей
производственной деятельности) - этот НДС идет к вычету. У нас раньше при Украине был счет 641(основной бюджетный счет по учету НДС) и сч. 643 (НДС по предоплате) - было понятно. Сейчас у меня другая ситуация - НДС идет на сумму, которую нам выставили к оплате, он же должен на каком-то счете накапливаться, не будем брать к учету НДС по нашей реализации и оказанным нам услугам с НДС. Баланс же должен идти. Помогите разобраться.

Да просто все у нас.

НДС учитывают на счете 68: по кредиту показывают начисление, по дебету - вычет.
Входной НДС сначала учитывают по дебету счета 19.Потом ставят к вычету: Д 68 - К 19

Конкретные субсчета 68 счета зависят от программы. В 1С, например, своя нумерация субсчетов, в том числе и по 68 счету.

Я не понимаю, что у вас не сходится. Вы реализовали своих услуг на 240 000, в т.ч. НДС 40 000. Проводка по к68 - 40 000 (дебет зависит от ситуации). Еще у вас агентский НДС удержан с арендной платы 24 000, тоже по к68. Итого по кредиту 68 64000.
При этом у вас есть расходы с НДС, в том числе и эта арендная плата. НДС с расходов собирается по д19 счета. Допустим, у вас закуплены материалы на сумму 72 000, в т.е. НДС 12 000 и есть арендная плата, с которой вы удержали НДС как налоговый агент. По д19 у вас будет 12 000 (материалы) + 24 000 (арендная плата) = 36 000
Далее принимается к вычету НДС проводкой д68 - к19, сумма 36 000. Итого сальдо на 68 счете по кредиту 68 000 - 36 000 = 32 000. Эту сумму вы и должны будете уплатить в бюджет , проводка д68 - к51 32 000.

А если нет никакой реализации и приобретения товаров - только аренда мунициального имущества , которое предъявили к оплате без НДС (т.к. не плательщики)
Отражена сумма НДС по аренде Дт 19 Кт 76 24000
удержана сумма НДС с арендной платы Дт 76 Кт 68 24000
принят к вычету НДС по аренде Дт68 Кт 19 24000
Все счета закрыты, к уплате 0. На затраты идет сумма на которую был начислен НДС 120000 ?

Если у вас нет реализации с НДС в этом квартале, то вы не можете взять НДС к вычету. Это многолетняя позиция нашего ФНС. Поэтому его придется перечислить в бюджет.
А к вычету можете взять этот НДС потом, когда появится реализация с НДС. На это есть три года.

Мне же надо этот НДС брать не к вычету, а оплатить, т.к. муниципалы не НДСники, Я начисляю сама себе НДС на сумму аренды и его оплачиваю. Этот НДС идет и по Дт и по Кт (19 и 68 счетов)- или мне надо в одном месяце его не закрывать проводками , а держать на разных счетах. А так получается взаимозачет.