Самозанятость генерального директора

Добрый день.

Директор оформил самозанятость, но оформлен он в ООО по трудовому договору.Как быть с начислением зарплаты ему?

Обычную зарплату ему платите. Платить НПД с выплат по трудовому договору не получится. И договор ГПХ с ним как с самозанятым вы заключить не можете.