По общему принципу, если указанные в п. 1 ст. 226 Налогового кодекса РФ лица не являются источниками дохода, перечисляемого ими налогоплательщику, они не признаются налоговыми агентами. Источником дохода в данном случае является компания 2, поскольку договор выполнения работ или оказания услуг у физлица заключен с ней.
Поскольку компания 2 не сможет удержать НДФЛ при выплате (она же не выплачивает доход), то в 6-НДФЛ надо будет указать неудержанный НДФЛ, если не будет возможности его удержать в течение налогового периода.