Нотариусу не важно, как именно вы осуществите расчет, главное, чтобы вы подтвердили при заключении договора, что доля оплачена.
Если суммы значительные, можете осуществлять расчет через банковскую ячейку или аккредитив.
На небольшие суммы на практике выдается расписка в их получении, в договоре пишется, что расчет произведен.