Здравствуйте.
В 1с БП оплата штрафа оформляется списанием с расчетного счета, вид операции Уплата налога. Проводки Дт 69.09 штраф Кт 51
Начисление штрафа оформите Операцией, введенной вручную. Проводки Дт 91.02 Кт 69.09 штрафы.
Штрафы за несвоевременную сдачу отчетности не учитываются в расходах по налога на прибыль (ст. 270 НК РФ) и не уменьшают УСН.