Расхождение количества товаров с документами поставщика при импорте из ЕАЭС

Добрый день, коллеги.
Сложилась такая ситуация. Поставщик из ЕАЭС привез в октябре товар со всеми документами. Я еще не отчиталась ни в таможню, ни в налоговую, ни в банк. Сейчас выясняется, что фактически количество не сходится с документами. И чтобы скорректировать отгрузку, они требуют от нас оригиналы товарных накладных. Как мне поступить? Ведь отчитываться везде нужно уже сейчас.
Вычитала, что при расхождении по количеству составляется акт о расхождениях по форме Торг-3. Можно ли мне подать заявление об уплате косвенных налогов по фактическому количеству, приложив в основным документам еще и этот акт?