Если на дату оплаты физлицо было ИП, то оно само уплачивает свои налоги. И каким образом производилась оплата, тут роли не играет. Это оплата в рамках предпринимательской деятельности физлица.
ИП потерял право на НПД из-за применения УСН. Поэтому доходы, полученные после утраты права на НПД, облагаются УСН. Одновременного применения УСН и ОСНО не бывает.
Заказчикам нужны договоры и акты выполненных работ, если выполняются работы.