То есть Вам нужно пробить обратный чек с признаком «возврат прихода» или «возврат расхода» со всеми данными первоначального чека, включая неправильную систему налогообложения. Затем правильный чек с признаком «приход» или «расход», укажите в нем правильные данные о налоговом режиме.
Что касается размера штрафа - подобное правонарушение квалифицируется как нарушение использования онлайн кассы , поэтому штраф может быть наложен в целом на организацию , а так же на должностных лиц.