Добрый день ! После подачи нового Уведомления предыдущее Уведомление автоматически в программе не сторнируется. Поэтому необходимо самостоятельно отслеживать данную ситуацию и вручную удалять ненужные Уведомления, во избежание искажения данных на счетах бухгалтерского учета и в регистрах.
В такой ситуации Вы все сделали верно.