В июне открылось ОП. Так как к моменту сдачи отчетности ИФНС ОП не была подключена сдали в голову с КПП головы и ОКТМО ОП. Платили НДФЛ с ОКТМО и КПП ОП. Теперь ИФНС высталяет недоимку. Что делать?
это из серии искать кошелек не там, где потерял, а там, где светло 
куда?
пересдавать отчетность в правильную налоговую, уточнять платежи, если надо.
Пересдавать с типом корректировка в ИФНС по ОП? или Корректировку с голову нулевую с ОКТМО ОП и Первичную в ИФНС ОП?
да, иначе технически не получится. Потом отбиваться от попытки вас отштрафовать за несвоевременно сданную первичную, ссылаясь на то, что отчет был сдан в срок, просто не туда.