Если по ГК РФ делать, то вы оформляете обычный акт и делаете там отметку, как указано в законе, который мы выше процитировали.
Если, конечно, у вас в договоре есть ссылки на Инструкции П-6 и П-7, то тут нужно делатльно разбираться, причем читать весь договор и лучше тогда работать с юристами непосредственно. Там и комиссия нужна будет, причем с привлечением других лиц и т.д.
Также в договоре могут быть отдельные правила принятия работ, частичного их приянтия, принятия, елси есть претензии, все это нужно проверить.
Аудиторы будут руководствовать законами и текстом договора.