Договор аренды

Добрый день! Подскажите пожалуйста организация , на УСН, (доходы минус расходы),заключила договор аренды с ИП,(ген. директор нашей организации). В течении действия договора аренды, были произведены затраты на неотделимые улучшения, произведенные арендатором,в офисном помещении (монтаж,перегородки и т.д.)Разрешение арендодателя на данные манипуляции получили , в письменной форме.К договору составили доп. соглашение, о том ,что арендодатель компенсирует, затраты арендатора, после расторжения договора. Сумма 1 620 000,в том числе ндс , с момента расторжения договора прошло 4 года. Только сейчас ИП планируем погашать задолженность в адрес нашей организации. Наши действия в настоящее время? каковы налоговые последствия. Нужно ли было в момент подписания акта о передаче неотделимых улучшений поставить эту сумму в доход нашей организации. Каковы последствия для ИП.Как быть с НДС?