Договор с самозанятым после ТД

Добрый день. Получили уведомление о вызове в ФНС по вопросу не отражения сведений о произведенном расчете, связанном с получением
дохода являющегося объектом налогообложения НПД. Проверили, все чеки от СЗ были получены, но поняли что наняли СЗ меньше чем через 2 года после ТД. Подскажите пожалуйста какие риски? Какое развитие ситуации после предоставления доков за период СЗ (все доки верно составлены)? И особенно интересно, что ФНС требует лично директора, а что если он не может в данный момент в отпуске/озсс/командировке? какие наши и их действия? можно доки по ЭДО отправить? или человека с доверенностью?

с данных выплат надо будет начислить НДСФЛ и взносы.

а это неважно, вы не имели права заключать договор с этим человеком как с самозанятым.