ИП в РФ на УСН доходы получил доход из Казахстана за лицензии ПО в рублях. Покупатель в Казахстане сразу удержал 10% и оплатил КПН как налоговый агент за ИП. В дальнейшем после закрытия отчетного периода у себя они предоставят справку об уплате этого налога. В таком случае ИП у себя в РФ должен снова оплатить 6% за поступившую сумму (которая была уже за вычетом налога) или может больше не платить никакого налога, т.к. оплатил уже в Казахстане?
Соглашения об избежании двойного налогообложения не распространяются на спецрежимы. Поэтому налог по УСН придется платить.