Добрый день ! Льгота по транспортному налогу положена для сельскохозяйственных товаропроизводителей. При этом, с одной стороны, в пункте 2 ст. 346.2 НК РФ имеется определение сельскохозяйственного товаропроизводителя, но в том же пункте указывается, что оно применяется только в целях гл. 26.1 «Система налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог)» НК РФ.
Однако , с точки зрения, Федерального закон от 29.12.2006 № 264-ФЗ «О развитии сельского хозяйства», сельскохозяйственными товаропроизводителями признаются организация, индивидуальный предприниматель, осуществляющие производство сельскохозяйственной продукции, ее первичную и последующую (промышленную) переработку (в том числе на арендованных основных средствах) в соответствии с перечнем, утверждаемым Правительством РФ[7], и реализацию этой продукции при условии, что в доходе сельскохозяйственных товаропроизводителей от реализации товаров (работ, услуг) доля дохода от реализации данной продукции составляет не менее 70% за календарный год.
Такую же позицию заняли судьи в постановлениях АС ЗСО от 22.11.2016 №Ф04-5171/2016 по делу №А70-932/2016, Пятнадцатого арбитражного апелляционного суда от 11.04.2018 № 15АП-2652/2018 по делу №А53-24381/2015.
Поэтому Вы можете настаивать на обосновании законности отказа. Сделайте официальный запрос, попросите ответить письменно и со ссылками на НПА. Обращайтесь с жалобой к руководителю ИФНС, а потом (если аргументированного обоснования так и не получите) можно будет в вышестоящий орган направить жалобу.