НДФЛ с зарплаты+дивиденды больше 5млн

Наш сотрудник является и владельцем, которому начисляются дивиденды. Отдельно ЗП и дивиденды меньше 5 млн.руб. А вместе - больше. Программа (1С) рассчитывает ндфл 13%. Налоговая сама потом доначислит ндфл или все-таки это надо сделать мне (бухгалтеру)?

Да. Налоговая разные источники и виды потом сама суммирует и пришлёт уведомление. Человеку придётся самостоятельно платить. Где-то на клерке уже были подробности.

предприятие выступает как налоговый агент, проблем не возникнет с таким доначислением от налоговой?
Представляю реакцию на привет от налоговой у МОЕГО директора (он же учредитель)…

предупредите директора, что до 1 декабря 2023 года ему надо будет доплатить энную сумму

Это две разные налоговые базы : основная пп.9 п.1 ст.210 НК и по доходам от долевого участия пп.1 п.2.1 ст.210НК.

В 2021 и 2022 г. при исчислении НДФЛ прогрессивная ставка НДФЛ будет применяться к каждой налоговой базе отдельно. ч.3 ст.2 372фз от 23.11.2020

Директора предупредить, что налоговая просуммирует его доходы, и при необходимости пересчитает НДФЛ, который он должен будет заплатить на основании налогового уведомления (п.6 ст.228 НК).

Директор предупрежден. Но мне еще ему заполнять 3-ндфл для возмещению ндфл по лечению, обучению. Там тоже не учитывать превышение 5млн. или как? Может подождать уведомления от налоговой, заплатить. А потом сделать 3-гдфл с учетом всего?

не учитывать

смысла нет ждать. Дивиденды - это не основная налоговая база. По ним так и так вычета нет