Открыл ИП, думал УСН, но оказалось ОРН

Открыл ИП 18.01.2019г. в Москве. Был уверен что выбрал УСН(6%), в ЛК налоговой не заходил до сего дня, т.к. оплачивал все налоги через ЛК Банка, там выбрал УСН(6%) и оплачивал налоги в налоговую по месту прописки(Ростовская область). В ЛК налоговой стоит переплата в Ростовской и долг в Московской налоговой(я к ней прикреплён). Да ещё и стоит система налогообложения ОРН. Думаю сходить в Московскую налоговую куда прикреплён, узнать куда я всё таки должен оплачивать налоги. После этого доплатить оставшееся как УСН, закрыть ИП и подать декларацию по УСН. На Ваш взгляд это будет верными шагами?

А как вы открыли ИП в Москве, если прописаны в Ростовской области? ИП регистрируются по месту прописки
Каким образом вы регистрировались? Какие документы о регистрации у вас есть?

Я подавал заявку через портал Госуслуги, при заполнении формы Р21001 строки места жительства (пребывания) - указал московский адрес(где живу - без временной регистрации или прописки). Всё приняли и выдали документы в московской налоговой. Есть на руках подписанные документы: Свидетельство о постановке на учёт, уведомление о постановке на учёт и лист записи ЕГРИП.

Абалдеть… И вас зарегистрировали по этому адресу? Это ошибка. Вы не можете быть зарегистриованы не по месту прописки, если таковая есть
Причем ошибку вы сами и спровоцировали. Зачем вы указали место пребывания в заявлении?
Я не знаю как это разруливать. Это ФНС должна вносить поправки в ЕГРИП.