Я так понимаю, что НДФЛ удерживал и перечислял банк, он же и отчитывался?
Вы подаете уведомления только по тому НДФЛ, который сами удерживали у работников. Если были выплаты в период с 23.09 по 30.09, то налог должен был удержать банк, он же данные в ФНС и отправляет.
За период с 1.10 по 22.10 надо было подавать уведомление уже самой организации и уплачивать НДФЛ.
В расчет 6-НДФЛ вы включаете только данные по доходу, который получен после перехода. И НДФЛ с него. За период до перехода все должен делать банк.