Добрый день.
Для снятия с учета обособленного подразделения достаточно просто отправить сообщение С-09-3-2, никаких оснований для этого не нужно. Вернее, при закрытии ОП делается приказ, но у вас оно закрыто очень давно.
ИФНС сама не может закрыть ОП. И снять с учета не может.
Поэтому лучше отправить сообщение С-09-3-2 в свою налоговую, приложив пояснение, что по вашим данным ОП закрыто в 2009 году. Поскольку оно не существует, то и отчетность по нему не сдается. Там же можно приписать, что поскольку все эти годы требований по отчетности со стороны ИФНС не было, то значит у инспекции были данные о закрытии ОП.