Добрый день.
Вопросы у налоговой могут возникнуть, но на них легко ответить. ИП не может сам себе платить зарплату в принципе, потому что не может состоять сам с собой в трудовых отношениях. И в гражданско-правовых тоже - заключить договор с самим собой нельзя.
Поэтому перевод денег самому себе любым способом налогами не облагается. А отправитель и получатель денег виден будет по документам.
ИП пользуются зарплатными проектами для перевода денег самим себе уже много лет. И проблем со стороны налоговой не возникает.