Приветствуем вас!
Да, конечно, дело в том, что сч-ф или УПД регулируется не договорами, а федеральным законодательством (НК РФ, закон о бухучете), закон имеет приоритет формально. Единственное, конечно, где говориться об актах и накладных тут нужно все-таки выписывать, т.к. они подвперждают юридический факт передачи товара и формально можно предъявить претензию Однако, вполне можно написать просто письмо о том, что в связи с тем, что вы применяете УПД согласно п. такого-то договора передача товара будет подверждаться УПД согласно приложение № 1 к постановлению Правительства Российской Федерации от 26 декабря 2011 г. № 1137 и п. 3 ст. 168, п. 2, пп. 1 п. 3, п. 5 ст. 169, п. 1 ст. 248 НК РФ, ч. 1, 2 ст. 9 Закона о бухгалтерском учете.