Добрый день.
Для вас и вашего российского контрагента это товар из Казахстана. Между Казахстаном и нами нет таможни и поэтому нет ГТД. Казахстанский контрагент не обязан извещать своих покупателей о ГТД, у них ведь свои законы.
Учитывая изложенное, а также принимая во внимание, что при ввозе товаров на территорию Российской Федерации с территории государств - членов ЕАЭС таможенная декларация не оформляется, незаполнение граф 10 и 11 счетов-фактур, выставляемых при реализации на территории Российской Федерации приобретенных у хозяйствующего субъекта государства - члена ЕАЭС товаров, происходящих с территории государств, не являющихся государствами - членами ЕАЭС, и выпущенных в свободное обращение на территории государства - члена ЕАЭС, Правилам не противоречит.
Письмо Минфина от 23.08.2017 №03-07-13/1/53878