ИП на ЕНВД и НДС

Сидит девочка и на всё штампы ставит. Автор сдал просто бумажку, но не декларацию

Девочка на приеме деклараций не имеет права отказывать в приеме. Потому как она не знает, можно сдать на бумаге или нет. Налоговые агенты на УСН, например, могут сдавать НДС на бумаге

Вообще-то должна была отказать.
В случае несоблюдения Порядка представления Декларации Ответственный сотрудник устно информирует налогоплательщика (его представителя), что Декларация не принята с указанием причины.
А причина в том, что бумажная декларация = нет декларации.

то, значит, они всем подряд отказывают при приеме на бумаге без флешки и отправляют сдавать по ТКС, а тут про прием декларации по НДС не знают?

Не везде отказывают. У меня вот в 28 ни разу не отказались взять на бумаге, про какие-то флешки там даже речи никогда не было
Там, где отказывают, действуют незаконно

Так как же сдавать то на бумаге или флешке?

НДС никак, только по ТКС через оператора

не на бумаге и не на флешке. Электронно через операторов ТКС. Это стоит где-то минимум 3 тыс. в год.
Можно не покупать систему, а сдать через посредника - представителя по доверенности. Это стоит где-то рублей 300 за один отчет.
Доверенность от ИП должна быть нотариальной.