ИП открыл интернет-магазин

Добрый день. ИП на ОСНО открыл интернет-магазин. Реализует товар собственного производства по полной предоплате. При оплате на сайте выбивает чек " 100% предоплата". ИП должен выбить чек “Полный расчет” при получении товара покупателем или при отгрузке (передаче в транспортную компанию)?
Как правильно отразить реализацию для НДС если предоплата и полный расчет в разных кварталах?
Покупатель-физическое лицо.

Добрый день ! Покупая товары на сайте, и осуществляя оплату, у покупателей, с точки зрения гражданского законодательства , происходит 100% предоплата, и для данного расчета должен быть сформирован фискальный документ с признаком «Полная предварительная оплата до момента передачи предмета расчета».
При передаче товара сначала в чеке указывается ранее оплаченный товар и та же сумма, а признаком способа расчета устанавливается «Полная оплата, в том числе с учетом аванса (предварительной оплаты) в момент передачи предмета расчета». Главное, не забудьте внести в чек дополнительный реквизит «Сумма по чеку предоплатой (зачет аванса)», в котором укажите сумму первого чека.
Однако, в письме ФНС от 15.11.2021 № АБ-3-20/7479@, ФНС фактически разрешила интернет-продавцам, которые сразу учитывают сумму расчета как реализацию, то есть применяют кассовый метод, формировать только один чек при поступлении полной оплаты с признаком расчета «Полный расчет».
Что касается вашего второго вопроса, то если имеет место предоплата, то налоговая база определяется дважды на дату получения аванса и затем на дату отгрузки. НДС по возвращенным товарам (или не выкупленным товарам) продавец может принять к вычету по общим правилам.
То есть , организации и ИП, получившие от физического лица предварительную полную или частичную оплату в счет предстоящего оказания услуг (реализации товара, выполнения работ), должны выписать авансовый счет-фактуру и зарегистрировать документ в книге продаж. В этом отношении никаких исключений нет.

Получается , если пробивать чек сразу на полный расчет , то и счет-фактуру на аванс выставлять не надо ?
Но если пробивать два чека, на предоплату и полную оплату, то второй чек бьется в момент передачи в транспортную компанию или в момент получения товара покупателем?

Да, верно. При кассовом методе полная предоплата сразу учитывается в бухучете как реализация, поэтому магазину достаточно сформировать один чек и соответственно счет-фактура будет тоже одна ( счет-фактура на аванс в этом случае не нужна ).
Закрывающий чек полного расчета формируется в момент отгрузки товара в транспортную компанию или оказания услуги.