Добрый день.
Считать надо от доходов за минусом расходов.
Однако на практике все не так просто. Отделы соцзащиты очень часто отказывают ИПшникам, беря в расчет только доходы и не учитывают расходы. И это несмотря на то, что есть письмо Минфина по этому поводу.
У нас есть ветка обсуждения по этому поводу. Но, к сожалению, люди там так и не отписались, чем у них в итоге закончились споры с соцзащитой.