В части налогов с доходов и по ОСНО и по УСН уплачиваются обычные налоги - налог на прибыль и УСН.
Вопрос только в НДС. Согласно протоколу 18 к договору ЕАЭС, местом реализации таких услуг является место нахождения покупателя. Если по законам Киргизии такие услуги облагаются НДС, то контрагент должен будет удержать его при выплате дохода. Причем как у компании на ОСНО, так и у компании на УСН. Это надо учитывать при заключении договора.
Сертификат резидентства у иностранной компании надо получать тогда, когда российская компания выплачивает доход. А не наоборот.