Порядок взимания косвенных налогов в ЕАЭС установлен Протоколом 18 к договору ЕАЭС. Поскольку услуги, оказываемые в электронной форме, не поименованы в пп. 1 - 4 п. 29 Протокола, место их реализации для целей исчисления НДС определяется по месту нахождения исполнителя услуг. Т.е. Киргизия. Таким образом, ваша компания не является налоговым агентом по НДС.
В протокол подготовлены изменения, согласно которым местом реализации таких услуг будет место нахождения покупателя, но пока они в силу не вступили.
Для НДС местом реализации услуг по разработке программ для ЭВМ и баз данных, их адаптации и модификации, сопровождению таких программ и баз данных, является место нахождения покупателя (пп.4 п.1 ст.29 Протокола 18 к договору ЕАЭС). По этим услугам вы будете налоговым агентом по НДС.
По налогу на прибыль вы не будете налоговым агентом
В соответствии со статьей 247 НК РФ объектом налогообложения по налогу на прибыль для иностранных организаций, не имеющих постоянного представительства на территории РФ, признается доход, полученный от источников в РФ, который определяется в соответствии со статьей 309 НК РФ. В этой статье нет услуг по разработке ПО и электронных услуг.
Однако плата за электронные услуги может рассматриваться как роялти, т.е. доход от авторских прав и лицензий (пп.4 п.1 ст.309 НК РФ). В этом случае компания будет налоговым агентом. Согласно СИДН с Киргизией, в этом случае ставка налога на прибыль будет 10% (статья 12 Соглашения).