Порядок отправки в командировку в Казахстан стандартный, никаких особенностей нет. И от системы налогообложения он не зависит.
Издается приказ руководителя, выдается аванс командированному (наличными или безналичными), билеты и оплату гостиницы производит либо он сам, либо организация.
По приезду авансовый отчет и отчет о командировке (если предусмотрен в организации).