Хотя вам уже ответили в другой ветке обсуждения, небольшая смена содержания вопроса не меняет сути.
Ситуация сильно похожа на наличие признаков дробления бизнеса. Т.е. ФНС это может трактовать ООО и ИП в качестве одного предприятия с одним оборотом и т.д.
Признаки дробления изложены в письме ФНС России от 11.08.2017 № СА-4-7/15895@, была обобщена судебная практика по налоговым спорам и были выделены 17 признаков дробления бизнеса. У вас явно более десятка этих признаков, аргумент “разные отделы” тут работает против вас, т.к. у вас розничная торговля ведется по одному адресу. ФНС имеет право доначислять за 3 года налоги и наказать:
- Недоплаченные налоги, т.е. в вашем случае НДС и налог на прибыль.
- Пени за то, что эти налоги не были выплачены в надлежащие сроки.
- Штрафы, которые составляют до 20% от суммы невыплаченного налога (ст.122 НК РФ, но есть и другие штрафы.
Срок давности согласно ст. 113 НК РФ составляет 3 года, есть риски того, если у ООО не хватит средств погасить долги, участники (учредители) ООО и директор понесут субсидиарную ответственность.
При крупных совокупных оборотах может возникнуть и уголовная ответственность по ст.ст. 198, 199 УК РФ. Занимаются этими составим СК РФ.
При опредл6енных условиях это могут быть тяжкими преступлениями. При обвинении в тяжких и особо тяжких преступлениях наступает действие специальных статей УК РФ и УПК РФ суть которых в том, что если кому-то на предприятиях было известно о совершении налогового преступлениях или даже о приготовлении к нему работник или другое лицо обязано обратиться в правоохранительные органы с заявлением о преступлении, если оно этого не сделает, то будет считаться соучастником в уголовном деле.
На практике это означает ответственность, как и руководителя, понятно, что лицами, которые вполне могли знать и были заинтересованы могут быть и участники (учредителями ) ООО. Также по тяжким преступлениям могут наказать даже за приготовление к преступлению, т.е. точно будут делать обыски и выемки всех ПК, гаджетов на работе, у бухгалтеров и дома.
Допрашивать могут уволенных, а они, понятно, не захотят быть соучастниками и раскроют все доказательства, т.е. сбор доказательства для оперативников и следователей в таких ситуациях достаточно прост.