Да, обязанность по исчислению НДС с авансов полученных возникает. Даже при НДС 5% при УСН.
Касательно где это в 1С формировать. То к сожалению у меня ОСНО и не могу подсказать наверняка. Но если общие правила по исчислению НДС работает, то есть помощник по закрытию вопросов НДС, который последовательно позволяет сформировать книги покупок и продаж. Этот помощник также дублируется при закрытии месяцев.
НДС с авансов одинаково считается и при ОСНО и при УСН.
Примерная последовательность по “обработке” авансов
На основании документа получения аванса (вероятно, выписка банка) сформировать счета-фактуры на аванс. Можно через через групповую обработку (Банк - Регистрация счетов-фактура - Счета-фактуры на аванс), можно вручную от каждого документа
Провести реализации
Перепровести период
Заполнить документы Формирование записей книги покупок и продаж
Проверить, что получилось
Но лучше предварительно почитать про порядок исчисления НДС и про учет в 1с, потому что ни один “помощник в программе” штрафы и пени потом компенсировать не будет